CorkyScab
Overview
Descripción General
CorkyScab is a Python-based tool for automated segmentation and quantification of tuber lesions caused by Streptomyces spp. It enables the evaluation of lesion extent and severity through reproducible image analysis workflows for plant pathology.
CorkyScab es una herramienta desarrollada en Python para la segmentación y cuantificación automática de lesiones en tubérculos causadas por Streptomyces spp. Permite evaluar la superficie afectada y la severidad mediante flujos de análisis de imagen reproducibles para patología vegetal.
Main Features
Principales Características
Lesion Segmentation
Segmentación de Lesiones
Automatic lesion segmentation using pixel-level thresholds and morphological filters.
Segmentación automática mediante umbrales de color y filtros morfológicos.
Surface Quantification
Cuantificación de Superficie
Estimates lesion surface relative to total tuber area for severity assessment.
Cuantifica el área lesionada en relación al área total del tubérculo para estimar la severidad.
Data Export
Exportación de Datos
Structured tables and processed image files ready for reporting and analysis.
Tablas estructuradas e imágenes procesadas listas para reportes y análisis.
Batch Processing
Procesamiento por Lotes
Automated analysis of multiple samples with consistent outputs for large datasets.
Procesamiento automatizado de múltiples muestras con resultados consistentes en grandes datasets.
Tech Stack
Tecnologías
Python, OpenCV, NumPy, Pandas, Matplotlib